ก่อนการเลือกตั้ง พ.ศ. 2498 พรรคคอมมิวนิสต์อินโดนีเซียสนับสนุนประชาธิปไตยแบบชี้นำของซูการ์โน และเป็นกลุ่มที่สนับสนุนซูการ์โน[7] พรรคได้รับเลือก 39 ที่นั่ง การต่อต้านการครอบครองอิเรียนจายาต่อไปของดัตช์เป็นหัวข้อสำคัญที่พรรคคอมมิวนิสต์อินโดนีเซียกล่าวถึงในทศวรรษนี้ ในเดือนกรกฎาคม พ.ศ. 2500 มีการโจมตีสำนักงานของพรรคคอมมิวนิสต์อินโดนีเซียในจาการ์ตา ในเดือนกันยายนปีเดียวกันนั้น พรรคมัสยูมีเรียกร้องให้คว่ำบาตรพรรคคอมมิวนิสต์อินโดนีเซีย[8]

ในวันที่ 3 ธันวาคม สหภาพการค้าที่ถูกครอบงำโดยพรรคคอมมิวนิสต์อินโดนีเซียเริ่มเข้าควบคุมบริษัทของชาวดัตช์ เพื่อแสดงถึงการต่อต้านบริษัทต่างชาติทำให้พรรคคอมมิวนิสต์อินโดนีเซียถูกมองว่าเป็นพรรคชาตินิยม

ในเดือนกุมภาพันธ์ พ.ศ. 2501 เกิดความพยายามก่อรัฐประหารโดยกองทัพที่นิยมสหรัฐและพรรคการเมืองฝ่ายขวา กลุ่มกบฏมีฐานที่มั่นที่สุมาตราและซูลาเวซีได้ประกาศจัดตั้งรัฐบาลปฏิวัติแห่งสาธารณรัฐอินโดนีเซียเมื่อ 15 กุมภาพันธ์ และจับกุมสมาชิกพรรคคอมมิวนิสต์อินโดนีเซียในพื้นที่ควบคุมไว้ พรรคคอมมิวนิสต์สนับสนุนซูการ์โนให้ปราบกบฏและให้นำกฎอัยการศึกมาใช้ ในที่สุดฝ่ายกบฏเป็นฝ่ายพ่ายแพ้ไป

ในเดือนสิงหาคม พ.ศ. 2502 มีปฏิบัติการในระดับกองทัพเพื่อปกป้องการประชุมใหญ่ของพรรคคอมมิวนิสต์อินโดนีเซียใน พ.ศ. 2503 ซูการ์โนได้ประกาศคำขวัญนาซากม ซึ่งย่อมาจากชาตินิยม ศาสนา และคอมมิวนิสต์ แสดงให้เห็นถึงอิทธิพลของพรรคคอมมิวนิสต์อินโดนีเซียในรัฐบาลซูการ์โน